办理采取线上线下同步报送、属地分级审核模式，按年度分批次推进，核心流程及关键要求如下：
自愿申报与材料筹备。限有效期内创新型中小企业，按属地原则申报。登录优质中小企业梯度培育平台（ https://zjtx.miit.gov.cn/ ）如实填报信息，作出真实性及合规承诺，线上线下数据需保持一致。纸质材料含近3年审计报告（近两年报告须经注册会计师行业统一平台赋码备案）、知识产权证书、研发投入及合规经营佐证等，装订规范并加盖公章，按时限报送属地县（市、区）主管部门。
县级初审与实地核查。县（市、区）主管部门对照标准初审材料完整性，开展实地核查确认经营状况与申报信息一致，查询企业信用状况，出具核查说明及推荐意见，按规定时限报送市级主管部门。
市级复审与公示推荐。市级主管部门复审材料，按不低于申报数量10%比例实地抽查，核查合规情况并征求相关部门意见。复审通过后公示5个工作日，无异议后正式推荐至省级主管部门。
省级评审与认定公示。省工信厅组织专家评审，按不低于5%比例实地抽查，结合评审及抽查结果确定拟认定名单，公示5个工作日。公示无异议的，正式并授牌为省级专精特新中小企业。
后续管理与到期复核。企业每年4月30日前更新平台信息，认定有效期3年，到期前按原流程申请复核。2022年认定企业需按要求参与复核，未按时更新信息或未参与复核的，取消复核资格。企业发生更名、重组等重大变化，需3个月内上报变更情况。
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