办理过程中费用分为零收费、企业自行筹备成本、政策奖补三类，具体明细如下，助力企业合理规划资金：
申报及审核零收费。省、市、县各级工信部门组织的申报、初审、复审、评审、抽查及复核等全流程，均不收取任何费用。工信部及省工信厅未委托任何机构开展申报辅导等业务，无特殊通道费用，企业可自主登录平台填报，谨防中介虚假宣传收费。
企业自行筹备材料成本。需承担审计报告编制费用，按要求提供近3年审计报告，近两年报告须经指定平台赋码备案，费用根据企业营收规模、审计复杂度，由企业与会计师事务所协商确定。此外，含材料打印、装订、刻盘及知识产权证书补办（如有遗失）等零星费用，金额较低且可自主控制。
中介服务自愿选择且无强制成本。各级部门明确不建议通过中介机构辅助申请，填报内容以数据指标和客观陈述为主，企业可自行完成。若企业自愿委托中介整理材料，服务费用由双方自主协商，需警惕虚假承诺、高价收费等乱象，留存服务协议规避风险。
政策奖补抵扣成本。认定成功后可享受多级财政奖励，省级财政给予最高不超过30万元一次性奖励，各市、县同步配套奖补，如沁水县对首次认定省级企业奖励10万元、“小巨人”奖励30万元。通过知识产权交易升级技术并申报成功的，可获不超过交易金额20%补助，单年度最高200万元，大幅覆盖筹备成本。
后续管理零费用。企业每年更新平台信息、有效期内变更备案、到期复核等后续事项，均无收费。仅需按要求维持研发投入、知识产权等佐证材料，产生少量日常管理零星开支。
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